Dans la quatrième saison, Dean, ramené parmi les vivants grâce à l'intervention des anges, a pour mission d'empêcher l'apocalypse de se produire. Il est aidé par Sam mais les relations entre les Winchester deviennent tendues quand Dean découvre que son frère lui ment et continue d'utiliser ses pouvoirs démoniaques, et leur relation en devient tragiquement brisée à la fin de la saison.
Pendant la troisième saison, les deux frères cherchent désespérément un moyen de libérer Dean du pacte qu'il a passé avec un démon. Ce pacte, fait dans le but de ramener Sam à la vie, ne lui laisse qu'un an à vivre avant qu'il ne soit envoyé en Enfer.
La deuxième saison est principalement centrée autour de Sam, les pouvoirs démoniaques qu'il développe et les plans que le démon aux yeux jaunes (Azazel) a prévu pour lui. Elle montre également les difficultés de Dean à accepter que son père se soit sacrifié pour le sauver.
Sam Winchester a grandi au milieu de ces univers terrifiants, mais tout ça est maintenant chose du passé. Il compte bien entrer à la faculté de droit et mener une vie normale et paisible. Mais Dean, le frère dont il avait perdu la trace, réapparaît avec une nouvelle inquiétante : leur père, qui chasse les créatures démoniaques depuis 22 ans, a disparu.